server-scripts/qhtcp-workflow/apps/matlab/ezview/EZcompositePlot.m

%EZcompositePlot
global Exp
global ghandles

if (Exp(expN).cTraceN>1 && length(Exp(expN).ll)<=(Exp(expN).cTraceIndx((Exp(expN).cTraceN)))) ||...
isempty(Exp(expN).ll)        
  return; 
end
Exp(expN).CompositPlot=1;
    
if expN==1, OLaxes=ghandles.OLaxes1; end  
if expN==2, OLaxes=ghandles.OLaxes2; end
if expN==3, OLaxes=ghandles.OLaxes3; end
 
 cTraceN=mod(Exp(expN).cTraceN,10);
 %cTraceN=Exp(expN).cTraceN;
 if cTraceN==1, colour='b';
    elseif cTraceN==2, colour='g';
    elseif cTraceN==3, colour='r';
    elseif cTraceN==4, colour='c';
    elseif cTraceN==5, colour='m'; 
    elseif cTraceN==6, colour='b';
    elseif cTraceN==7, colour='g';
    elseif cTraceN==8, colour='r';
    elseif cTraceN==9, colour='c';
    elseif cTraceN==0, colour='m';  
 end
 
AddCplot=1;   %Test need for user question dialog boxS
if AddCplot==1,
  cTraceN=Exp(expN).cTraceN
  cTraceIndx=Exp(expN).cTraceIndx(cTraceN)
  cTstart=cTraceIndx;
  cTend=length(Exp(expN).ll);
  
  jj=0; ii=0; RFcmpTraces=0; maxRFcmpLStd=0; maxRFcmpKStd=0;  maxRFcmprStd=0;
  for ic=cTstart:cTend    
    if strcmp(get(Exp(expN).hOL(ic),'visible'), 'on')
      jj=jj+1;
      mlstL(jj)=Exp(expN).ll(ic); mlstR(jj)=Exp(expN).rr(ic); mlstK(jj)=Exp(expN).kk(ic); 
      LBcheck=char(Exp(expN).hOLname(ic))
      if isequal(LBcheck(4:6),'cmp'),
        if Exp(expN).lstd(ic)> maxRFcmpLStd
          maxRFcmpLStd=Exp(expN).lstd(ic);
          ii=ii+1;
          lstds(ii)=Exp(expN).lstd(ic);
          RFcmpTraces(ii)=ic; 
        end
        if Exp(expN).kstd(ic)> maxRFcmpKStd
          maxRFcmpKStd=Exp(expN).kstd(ic);
        end
        if Exp(expN).rstd(ic)> maxRFcmprStd
          maxRFcmprStd=Exp(expN).rstd(ic);
        end
      end
    end
  end
end

maxLstd=max(std(mlstL), maxRFcmpLStd); 
maxKstd=max(std(mlstK), maxRFcmpKStd); 
maxrstd=max(std(mlstR), maxRFcmprStd); 
Exp(expN).cLmean(cTraceN)=mean(mlstL); Exp(expN).cLstd(cTraceN)=maxLstd;
Exp(expN).cRmean(cTraceN)=mean(mlstR); Exp(expN).cKstd(cTraceN)=maxKstd;  %std(mlstR);
Exp(expN).cKmean(cTraceN)=mean(mlstK); Exp(expN).cRstd(cTraceN)=maxrstd;  %std(mlstK);

% Mean calculation plot
l=Exp(expN).cLmean(cTraceN); 
r=Exp(expN).cRmean(cTraceN);
K=Exp(expN).cKmean(cTraceN);
lslow=l + Exp(expN).cLstd(cTraceN); lfast=l - Exp(expN).cLstd(cTraceN); 
rl=r - Exp(expN).cRstd(cTraceN); ru=r + Exp(expN).cRstd(cTraceN);
Kl=K - Exp(expN).cKstd(cTraceN); Ku=K + Exp(expN).cKstd(cTraceN);
clear g; 
t=1:200;
g=K ./ (1 +  exp(-r.* (t - l )));
gSlow=Kl ./ (1 +  exp(-rl.* (t - lslow )));
gFast=Ku ./ (1 +  exp(-ru.* (t - lfast )));
if K==0||r==0||l==0
  g(1:200)=1;gSlow(1:200)=1;gFast(1:200)=1;
end
       
Exp(expN).hCmean(cTraceN)=plot(OLaxes,t,g);hold on;  % plot the composit mean of traces
Exp(expN).hBound1(cTraceN)=plot(OLaxes,t,gSlow,'y');
Exp(expN).hBound2(cTraceN)=plot(OLaxes,t,gFast,'y');
%c1=c1-((cTraceN-1)*0.2);  c2=c2+((cTraceN-1)*0.2); c3=c3+((cTraceN-1)*0.2);
set(Exp(expN).hCmean(cTraceN),'color',colour)  %[c1 c2 c3]) %Set latest trace red
set(Exp(expN).hCmean(cTraceN),'linewidth',3) 
Lstr=num2str(Exp(expN).cLmean(cTraceN)); Lsstr=num2str(Exp(expN).cLstd(cTraceN)); 
Rstr=num2str(Exp(expN).cRmean(cTraceN)); Rsstr=num2str(Exp(expN).cRstd(cTraceN));
Kstr=num2str(Exp(expN).cKmean(cTraceN)); Ksstr=num2str(Exp(expN).cKstd(cTraceN)); 

try
  cPlotLB=strcat('Composite', num2str(cTraceN),'->','L=',Lstr(1:4),';','Ls=',Lsstr(1:4),';',...
    'r=',Rstr(1:4),';','rs=',Rsstr(2:6),';','K=',Kstr(1:4),';','Ks=',Ksstr(1:4))
catch
  try
    cPlotLB=strcat('Composite', num2str(cTraceN),'->','L=',Lstr(1:4),';','r=',Rstr(1:4),';','K=',Kstr(1:4),'-SingleSource');
  catch
  end
end
    
Exp(expN).cName(cTraceN)={cPlotLB};
if expN==1, set(ghandles.OLay1,'string', cPlotLB); end
if expN==2, set(ghandles.OLay2,'string', cPlotLB); end
if expN==3, set(ghandles.OLay3,'string', cPlotLB); end

% Hide source traces leaving only the Composite traces and STD traces
for i=1:length(Exp(expN).hOL)
  set(Exp(expN).hOL(i),'Visible','off')
  try set(Exp(expN).hOLb(i),'Visible','off')
  catch
    msg='No raw data RFcmp'
  end
end

% Increment the CompositeTrace count and update the correlated reference OLAY cTraceIndx
Exp(expN).cTraceN=(Exp(expN).cTraceN) + 1 ;
Exp(expN).cTraceIndx(Exp(expN).cTraceN)=length(Exp(expN).hOL(:))+1;

%cPlotLB=strcat('Composite', num2str(cTraceN),'L=',num2str(Exp(expN).cLmean(cTraceN)),'Ls=',num2str(Exp(expN).cLstd(cTraceN))) %,'-',(Exp(expN).hOLname(cTraceIndx)))
%Exp(expN).cName(cTraceN)={cPlotLB};